ウィンドウの中央にボックスを配置

CSSでやる

ボックスの幅と高さがpxで指定できるときはcssだけで可能です。

#box {
position: absolute;
top: 50%;
left: 50%;
height: 400px;
width: 500px;
margin-top: -200px;
margin-left: -250px;
}

JavaScriptでやる

幅・高さをpx指定できないときやアニメーションをつけたいときはJqueryでどうですか。
こちらが参考になりますというかまんまです→HouesTectさん

#box {
position: absolute;
}

ウィンドウのリサイズ対応は
$(document).ready(function(){…　を
$(window).resize(function(){…　にしてあげればよろしかろうと存じます