原因と解決の理解ができていませんが、とりあえず解決策をめもしておきます。
症状：
文字コードeuc指定のcssファイルなのに、何故かShift-JISになっている。
ファイル先頭にcharset指定をしてあるのにShift-JIS。
Dreamweaver、秀丸、さくらエディタの３種エディタでそれぞれ文字コードをeucに変更を試みるも、確認するとShift-JIS。
解決策：
ほうぼうぐぐってみて、
http://hirotomium.com/memories/2010/09/dreamweaversjis.php
を発見。
charset指定を書いてあるのに効いてないあたり、根本的な症状が違う気もするけれど、
問題のファイル内に日本語がない点は一致。
なので、コメントとして日本語を書いてみた。
eucになった！
しかしなぜなのかはわかりません…